Takemoto, Mayama et Morita sont trois étudiants en fac d'Art. Takemoto est le timide ami fidèle qui ne sait pas trop quoi faire de sa vie. Mayama est l'adulte responsable qui travaille à côté pour espérer être embauché après son diplôme. Morita, l'éternel redoublant et doux dingue, disparaît régulièrement quelques jours et revient toujours avec une liasse de billets en poche...

Ce petit monde voit son existence bouleversée par l'arrivée d'Hagu, cousine du professeur Hanamoto. Aussitôt, deux des garçons tombent amoureux d'elle sans s'en rendre compte...

Honey & Clover raconte l'histoire de ces personnages et d'autres, entre rires et larmes...